पुलवामा हमले के बाद पाकिस्तान के तत्कालीन विदेश मंत्री शाह महमूद कुरैशी ने कहा था कि "मेरी जानकारी के अनुसार अजहर पाकिस्तान में है।" कुरैशी ने कहा था कि "वह इतना बीमार है कि अपने घर से भी बाहर नहीं निकल सकता है।" इसके पहले पठानकोट में भारतीय वायु सेना के अड्डे पर जैश-ए-मोहम्मद के हमले के बाद पाकिस्तान की पंजाब सरकार ने अजहर को सुरक्षात्मक हिरासत में लिए जाने का दावा किया था। लेकिन विदेश मंत्री के दावे के एक साल बाद ही पाकिस्तान की एक अदालत ने अजहर को फरार अपराधी घोषित कर दिया था।

करीब दो साल पहले पाकिस्तान के सरकारी सूत्रों ने जियो न्यूज को बताया था कि पाकिस्तानी विदेश मंत्रालय ने अफगानिस्तान के विदेश मंत्रालय को एक पत्र लिखकर मसूद अजहर का पता लगाने और गिरफ्तार करने को कहा था। पत्र के मुताबिक,पाकिस्तान का मानना है कि अजहर पाकिस्तान में ही कहीं छिपा हुआ है।